Mit der Stoppelbearbeitung bietet sich eine gute Gelegenheit, (Problem-)unkräuter in der Fruchtfolge zu bekämpfen.
So lassen sich z.B. Ackerfuchsschwanz und Weidelgras durch wiederholtes flaches Bearbeiten zur Keimung anregen und können beseitigt werden. Insbesondere bei bereits auftretenden Resistenzen kann so das Samenpotential ohne weiteren Herbizideinsatz in den Flächen reduziert werden.
Auch bei Flächen mit hohem Besatz an Unkrautrüben lässt sich so zusätzlich zur konsequenten Beseitigung von Schossern und Unkraut-/Wildrüben in den Rüben eine Reduzierung des Besatzes erreichen.
Neben der mechanischen Bekämpfung von Unkräutern in der Stoppel bietet sich auch die Gelegenheit, Wurzelunkräuter wie Quecke, Landwasserknöterich, Ackerschachtelhalm… chemisch zu bekämpfen (z.B. mit Kyleo), sobald diese wieder so viel Blattmasse gebildet haben, dass sie ausreichend Wirkstoffe aufnehmen können. Hierbei sind aber die Anwendungsbestimmungen der Pflanzenschutzmittel zu beachten, außerdem werden z.B. Landwasserknöterich und Ackerschachtelhalm nur unterdrückt, nicht vollständig bekämpft.